Comentario
Si las medidas anteriores se refieren a la Corona de Castilla, la expulsión de los judíos o el establecimiento de la Inquisición afectan a todos los reinos y sólo tienen sentido si se ven desde un punto de vista político, como formas de acelerar la unión de los territorios dependientes de los Reyes Católicos. Al crear la Inquisición se atiende a los problemas religiosos, pero también y sobre todo a los políticos y sociales. No se restablece la Inquisición medieval confiada a los obispos o a los dominicos sino que se crea un organismo enteramente sometido a los reyes y para ello se explotan los sentimientos antijudíos y anticonversos de la sociedad castellana. Las disposiciones tomadas contra los hebreos en los años anteriores no afectaban a los conversos, que pudieron mantener su poder económico y sus actividades anteriores. La exaltación de algunos eclesiásticos y la difusión de leyendas sobre actividades anticatólicas de conversos y judíos (profanación de formas sagradas, crucifixión de niños...) prepararon el ambiente para crear la Inquisición, autorizada por Sixto IV en 1478 y puesta en marcha después de las Cortes de Toledo de 1480.
El carácter secreto de los juicios así como los medios empleados para obtener las confesiones crearon un clima de terror que obligó a emigrar a numerosos conversos cuyas quejas llegaron hasta el Papa y éste, en 1482, rectificó su decisión y pretendió que los inquisidores, nombrados por el rey, actuaran de acuerdo con las normas de la Inquisición medieval; acusó a los inquisidores sevillanos de haber actuado contra inocentes y de haber confiscado los bienes de los condenados, lo que no entraba en sus atribuciones; ordenó que, en adelante, los procesos se desarrollaran de acuerdo con las normas canónicas y con el obispo de la diócesis, y prohibió el trasplante de la Inquisición a los reinos de la Corona de Aragón, en los que funcionaba la inquisición tradicional. El nombramiento de los inquisidores fue confiado al general de los dominicos; se ordenó absolver a quienes confesaran sus culpas y se prohibió mantener en secreto los nombres y las declaraciones de los testigos..., pero ni lo reyes hicieron el menor caso de las disposiciones pontificias ni el pontífice mantuvo su disposición: interesado en nombrar arzobispo de Sevilla a uno de sus protegidos, anuló la bula promulgada, y los procesos y confiscaciones en favor de los reyes continuaron, acrecentados por la necesidad de reunir fondos para la guerra granadina.
Hacia 1484 fue nombrado por los reyes inquisidor general de Castilla fray Tomás de Torquemada, que ya lo era de Aragón; con él se unificaba la organización inquisitorial convertida en un organismo más de centralización del poder monárquico, de unidad interior. Del mismo modo que se habían suprimido las hermandades para formar una Hermandad General enteramente sometida a los reyes, se suprimían las inquisiciones diocesanas para crear una sola Inquisición en todos los dominios de Fernando e Isabel.
En la Corona de Aragón la resistencia fue mayor que en Castilla. Los aragoneses afirmaban que la confiscación de bienes y el mantenimiento del secreto iban contra los fueros del reino, pero nada pudieron hacer ante la firme decisión del rey. La religión fortalecía la política centralizadora y Fernando apoyó a los inquisidores, cuyas excomuniones podían servir -sirvieron- para destituir a diversas autoridades municipales; en Valencia se defendieron alegando la existencia de la inquisición tradicional y la extranjería de los inquisidores, y en Barcelona la resistencia se basó en los perjuicios económicos que la fuga de los conversos podía provocar y en la oposición a los fueros, usos y costumbres catalanes; los consellers pidieron que se perdonase a quienes abjurasen de sus errores, con lo que se salvaba la pureza de la religión, motivo indicado por los reyes para defender al nuevo organismo, pero el monarca se mostró intransigente.
En 1490 la Inquisición está sólidamente asentada en todos los reinos, pero sólo puede actuar contra los cristianos, no contra los judíos, a los que al no ser cristianos no es posible acusar de herejía, y contra los hebreos se tomarán medidas por los mismos años, es decir, a partir de las Cortes de Toledo de 1480. En 1483 se procedió a la expulsión de los judíos de las diócesis de Sevilla, Córdoba y Cádiz; tres años más tarde fueron expulsados los de Zaragoza y Albarracín, acusados de connivencia con los conversos..., pero mientras duró la guerra granadina puede afirmarse que los reyes mantuvieron la tradicional protección dispensada por sus antecesores a los judíos, algunos de los cuales fueron tesoreros de la Hermandad y colectores de los subsidios para la guerra de Granada, lo que no hará sino aumentar el odio popular contra ellos.
Haciéndose eco del malestar de la población, el 31 de marzo de 1492 los reyes firmaron el decreto de expulsión de los judíos de todos sus reinos y les dieron un plazo de cuatro meses para abandonarlos. En principio se les permite llevar todos los bienes muebles, pero las leyes vigentes prohíben sacar del reino oro, plata, monedas, caballos y armas, por lo que deberán transformar sus bienes en letras de cambio. En muchos lugares se prohibió a los cristianos la compra de bienes judíos y en todos se explotó la necesidad apremiante de vender; los propios monarcas prohibieron la venta de los bienes comunales de las aljamas, y en septiembre de 1492 confiscaron todos los bienes, deudas o letras de cambio dejadas por los judíos.
Aunque de hecho la expulsión de algunos grupos musulmanes no puede ser incluida en el capítulo de reformas religiosas emprendidas por Isabel y Fernando, conviene recordar que clérigos como el cardenal Cisneros propusieron la adopción de medidas similares a las tomadas contra los judíos; pero el problema era distinto aunque desde el punto de vista religioso fuera el mismo y sólo en 1502, después de la sublevación morisca de las Alpujarras, se tomaron medidas contra los musulmanes, a pesar de lo cual numerosos moriscos permanecieron en las Alpujarras, en toda Castilla y en la Corona de Aragón hasta el siglo XVII.
Expulsados los judíos, con graves daños para la economía de los reinos y para las haciendas municipales y sin beneficios para la población -las deudas con los judíos fueron heredadas por la Corona-, alejados voluntaria o forzosamente de la Península los dirigentes musulmanes que podían organizar la resistencia, y creado un clima de terror por la Inquisición contra los conversos, los reyes han logrado afianzar la unidad de sus dominios pero estaban muy lejos de conseguir la reforma religiosa, única que habría podido justificar las medidas anteriores. La necesidad de la reforma del clero secular y regular de la Iglesia occidental, reforma eclesiástica en definitiva y no religiosa, había sido vista con claridad desde el siglo XIV, y los reformadores tuvieron un importante papel en la solución del cisma y en la crisis conciliar de la primera mitad del siglo XV, pero en todas partes los intereses políticos y económicos aparecen demasiado mezclados con los económicos y la obra reformadora apenas progresó. En Castilla, uno de los graves problemas que afectaba al clero regular era la dependencia respecto a la nobleza laica, que mediante la utilización del cargo de encomendero había logrado intervenir en la mayor parte de los monasterios y controlar no sólo la vida económica de estos centros sino también las actividades religiosas.
Juan II de Castilla se hizo eco de los ideales de reforma, ordenó revisar el régimen de encomiendas y facilitó la vuelta al espíritu de observancia de las reglas monásticas al ceder a la orden de San Benito el castillo de Valladolid para que, libres de toda injerencia laica, los monjes pudieran atender al cumplimiento de su regla. Nuevas órdenes como las de cartujos y jerónimos, caracterizados por su austeridad y cumplimiento de las reglas monásticas, fueron instaladas en Segovia y en Guadalupe así como en otros muchos lugares. Los monjes instalados en San Benito de Valladolid extendieron pronto su acción sobre otros monasterios castellanos, que fueron agrupados en una congregación dirigida por el monasterio vallisoletano. De él partiría la reforma efectuada en la época de los Reyes Católicos que la harían extensiva al monasterio catalán de Montserrat por obra del prior de Valladolid García Jiménez de Cisneros. La centralización vallisoletana no sólo serviría para dar mayor fuerza a los monasterios sino que también sería un elemento más dentro de la unificación emprendida por Isabel y Fernando.